Dear David,<div><br></div><div>Thanks for your reply. I am on windows and I'd like to have the flag of "1 1 0 1 1 1". I can wait for it.</div><div><br></div><div>Regards, Wei</div><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote">

On Sat, Jun 16, 2012 at 9:23 AM, David Lonie <span dir="ltr"><<a href="mailto:loniedavid@gmail.com" target="_blank">loniedavid@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

<div class="im">On Fri, Jun 15, 2012 at 6:53 PM, Wei Lai <<a href="mailto:laiwei@msu.edu">laiwei@msu.edu</a>> wrote:<br>
> I would like to add additional flags after the coordinates to obtain the<br>
> following:<br>
> La 0.2 0.6 0.7 3 1 0 1 1 1<br>
> La 0.1 0.2 0.3 3 1 0 1 1 1<br>
><br>
> Is there a way to do this?<br>
<br>
</div>This is not currently implemented. If you've compiled XtalOpt<br>
yourself, you can apply the attached patch to add this functionality:<br>
<br>
cd path/to/xtalopt/source/code/ # Usually ~/src/xtalopt/<br>
patch -p1 < coordFlags.diff<br>
<br>
then build (make) and install (make install) again and use the keyword<br>
"%coordsFracCustom%". I ran a test and got:<br>
<br>
O -0.0689392 0.278319 0.0313129 3 1 0 1 1 1<br>
N -0.18792 -0.0825675 9.80208e-05 3 1 0 1 1 1<br>
N 0.204552 0.0154757 -0.00768081 3 1 0 1 1 1<br>
C -0.0198324 0.0801368 0.00900635 3 1 0 1 1 1<br>
H -0.152938 -0.242758 -0.0177075 3 1 0 1 1 1<br>
H -0.345974 -0.0365482 0.0118565 3 1 0 1 1 1<br>
H 0.322753 0.130477 -0.00128565 3 1 0 1 1 1<br>
H 0.248298 -0.142535 -0.0255998 3 1 0 1 1 1<br>
O -0.0689392 0.278319 0.531313 3 1 0 1 1 1<br>
N -0.18792 -0.0825675 0.500098 3 1 0 1 1 1<br>
N 0.204552 0.0154757 0.492319 3 1 0 1 1 1<br>
C -0.0198324 0.0801368 0.509006 3 1 0 1 1 1<br>
H -0.152938 -0.242758 0.482293 3 1 0 1 1 1<br>
H -0.345974 -0.0365482 0.511857 3 1 0 1 1 1<br>
H 0.322753 0.130477 0.498714 3 1 0 1 1 1<br>
H 0.248298 -0.142535 0.4744 3 1 0 1 1 1<br>
<br>
Is this what you needed? If you want to change the flags, edit<br>
src/xtalopt/xtalopt.cpp and search for "coordsFracCustom". A few lines<br>
below it, you'll see:<br>
<br>
        rep += QString(OpenBabel::etab.GetSymbol(atom->atomicNumber())) + " ";<br>
        rep += QString::number(coords.x()) + " ";<br>
        rep += QString::number(coords.y()) + " ";<br>
        rep += QString::number(coords.z()) + " 3 1 0 1 1 1\n";<br>
<br>
You can change the flags on the last line to whatever you need them to<br>
be, then rebuild and reinstall XtalOpt.<br>
<br>
If you're on windows, let me know and I'll try to make a new installer<br>
for you, but it may be a while before I have time.<br>
<br>
Hope this helps,<br>
<br>
Dave<br>
</blockquote></div><br></div>